简介r语言和markdown的使用（功能和前期准备）
简介
markdown是什么
markdown是由John Gruber提出的一种书写格式，于2004年12月推出它的1.0.1版本。到现在为止这个版本也一直没有更新过，也就是说这是一个基本稳定的版本。作者的博客地址在这里，其中包含了Markdown的语法说明，这个是英文版的。
在说明markdown是什么之前，先看一个markdown文件的实例：
灵根育孕源流出 心性修持大道生
诗曰
混沌未分天地乱，茫茫渺渺无人见。
自从盘古破鸿蒙，开辟从兹清浊辨。
覆载群生仰至仁，发明万物皆成善。
欲知造化会元功，须看《西游释厄传》。
盖闻天地之数，有十二万九千六百岁为一元。将一元分为十二会，乃子、丑、寅、卯、辰、巳、午、未、申、酉、戌、亥之十二支也。每会该一万八百岁。且就一日而论：子时得阳气而丑则鸡鸣，寅不通光而卯则日出，辰时食后而巳则挨排，
由此可见，markdown的源码和最终输出的结果比起来，除了格式不一样外，只是多出了一些 标点符号。而这些标点符号就是markdown控制格式的方法。
如果说markdown有什么特征，那么markdown最大的特征就是简单。与微软的word相比，不知简单了多少倍，简直不是一个数量级的。标准的markdown中只是定义了10多种格式，并且格式的定义非常容易记忆，以至于你根本不需要化专门的时间来学习它。
那么有人会问，它会不会太简单了？的确有时候它太简单了，比如写作一些科技文献的时候，它提供的基本格式就不够用了。在这种情况下，出现了markdown的几种扩展，可以让人们来方便的处理这些格式。目前比较流行的扩展有pandoc扩展，其次是GitHub扩展。其中GitHub的扩展主要是用于在GutHub的网站上使用。
由于GitHub用户很多，所以这个扩展也很流行。而 pandoc 是一个强大的格式转换工具，基本上支持各类常见格式之间的转换，其中就包括有markdown。而markdown的格式超级简单，这就使得人们能够用超级简单的markdown来生成看起来复杂的其他格式，比如word、html、pdf等。这样，因为pandoc使得人们能够使用markdown来生成doc和pdf文档，因此受到广泛的欢迎。随着pandoc的流行，出现了很多以pandoc为基础的外围工具，以此来方便人们对pandoc的使用，比如在R语言中的几个软件包 Rmarkdown，knitr 等就使用pandoc作为底层的支持来实现从markdown到各种其他格式的转换。
另外关于这些基于pandoc的扩展，有些已经实现的非常先进，可以帮助作者完成不少以前需要手动完成的工作，比如自动生成文档的部分内容，自动插入图片等等。
基于以上这些原因，本文中也将以pandoc扩展为主要的关注点。
R语言
本文的目的是为了讲解markdown，为什么还要提到R语言？R语言是什么东西，跟markdown有什么关系呢？
如果你使用markdown只是进行文学类创作，比如写写小说什么的，那么你根本不需要使用到markdown的扩展就可以工作了。在这种情况下，你可以不去考虑makrdown扩展以及R的问题。
如果你要使用markdown进行科技文献，科技书籍的写作，那么如果你了解并能够使用R语言，将会对你的工作效率有巨大的提升。
那么R语言是什么？R语言是一种针对统计分析和数据科学的开源的统计语言，它是一种基于向量的高级函数式编程语言。近年来，由于大数据的兴起，越来越多的人开始关注R语言。每天都有大量的志愿者为R软件的发展贡献代码。因此R本身也是一个迅速发展的语言。
由于pandoc的兴起，R社区的开发者发现了这个工具给写作带来的巨大便利，因此开发了一些以pandoc为基础的软件包，其代表是Rmarkdown和knitr。这些软件包让文档或书籍的作者可以方便的从markdown文件动态的生成最终的文档。这些工具使得写作的效率大幅提高。这也是我们将要关注的内容。
rmarkdown和knitr
前面介绍提到了rmarkdown和knitr是R的软件包，它们把能够在markdown中嵌入R语言，并且执行其中的R代码，而R代码的输出可以作为文档的一部分。甚至R代码生成的图片也可以自动嵌入到markdown文件中。
Rmarkdown + knitr可以执行R语言代码的这个功能使得markdown如虎添翼，具有非凡的表现力和极高的效率。含有可执行R代码的markdown文件有一个专门的扩展名，即rmd。
下面我们看一个rmarkdown的实例：
下面的代码将会画出100个正态分布的散点图，画出的图会变成文件的插图：
`
{.r echo=FALSE,fig.path=”./rfigures/p6172-“}
plot(rnorm(100))
```
这里可以看到新生成的图片已经被插入文档中了，这样每次重新生成文档，文档的内容都会被更新，这样只要文档中的R代码没有错，该文档将永远保持使用最新的结果，你不需要为每次的代码改动来重新粘贴代码生成的结果。这将为您节省宝贵的时间。
为什么要使用markdown
从上面的介绍可以看出，markdown最大的特征就是简单，其次是基于markdown的各种外围工具使得利用markdown进行创作非常高效。这个高效体现在
语法简单，作者基本上无需关心排版的问题，只要专心写作就可以了。
对于科技文献的写作，R软件提供了文章动态生成的过程。使得作者不必要手动去拷贝粘贴代码的结果或者生成的图片等。
易于修改，因为文档可以从markdown动态的生成。作者只需要修改markdown文件，然后就立刻能够看到最终的文章结果。
还有一个使用markdown的重要原因是，它是免费的，markdown只是一种格式定义，你可以使用你喜欢的编辑器来编写markdown文件，编写完的markdown文件可以通过免费的工具来转换成html、pdf、docx等。因此使用markdown你不必要花钱去使用某软的付费系统和付费软件。
怎样使用markdown
markdown文件是通常的文本文件，你使用vi，emacs或者windows下的记事本都可以编写markdown。写好的markdown如果上传到GitHub，那么markdown文件会自动被转换成html显示出来。在本地可以通过perl，R或者其他的工具比如pandoc来将markdown文件转为html或PDF以及docx。
• perl，在John Gruber的网站，提供了一个Markdown.pl，这是标准的markdown解析工具，它可以把markdown转为html
使用方法是：
./Markdown.pl ./about.md
这样将会把md文件转换为html，输出在标准输出。
因为前面提到的，标准的markdown的功能有限，比如没有表格的支持等，所以一般使用中，不推荐直接使用这个perl脚本进行格式转换。
• pandoc，你也可以使用pandoc直接来将md文件转换为html
使用方法：
pandoc -f markdown -t html -o ./about.html ./about.md
pandoc也可以把md转换为pdf文件，使用方法为
pandoc -f markdown -t latex -o ./about.pdf ./about.md
pandoc可以支持多种类型的转换，通常你需要熟悉pandoc的各种参数，你可以手动敲这些命令。不过使用R的包会使这个过程简化。
• R ，以下是利用R将当前目录下的about.md文件转换为about.html文档的方法：
Rscript -e “rmarkdown::render(‘./about.md’)”
当然，为了上面的代码能够正确运行，你需要在安装R以后，安装rmarkdown这个包，这个包的安装方法是，在R的命令行键入
install.packages("rmarkdown")。
如果要生成pdf格式的文件，你需要在render后面指定更多的参数。这些后面再讨论。
那么rmarkdown的文件怎么编译呢，rmarkdown的文件，也就是.rmd文件就只能在R上编译（转换）了。编译的方法和编译markdown文件一样，只是这时候，文件的扩展名由md变成了rmd，这时候，rmd文件中的r代码就会被处理了，命令行如下：
Rscript -e "rmarkdown::render('./about.rmd')"
在真正使用markdown进行创作之前，你还需要做一些准备工作。如果你比较着急的想试试，可以直接跳到后面一章去看看markdown的基础语法。
准备工作
在真正使用markdown之前，我们还需要一些准备工作。这里的准备工作主要包括两个部分，一是选择一个编辑器，再就是选择一个编译工具，我们这里选择R语言。当然你也可以选择perl,但是我不推荐。
编辑器
Linux下的同学都应该有自己趁手的工具，vim或者emacs随便找一个就可以了。这些工具下面应该还有些支持markdown语法的插件。对于vim来说，有一款插件叫 vim-markdown。这个插件只是提供了语法的高亮显示。
在Linux下使用VIM编辑markdown文件实际上是很不方便的，根本原因在于中文的切换问题。你在输入中文的时候，如果要键入一个vim的命令，需要退出中文输入，或者在输入法上输入命令然后直接键入回车键，这是很不方便的。因此，我实际的使用过程中，并不怎么使用vim。而是使用了另一款编辑器，即gedit。这个编辑器中集成了markdown语法的高亮显示。使用起来也比较直接。中文输入的不方便是我这个vim粉放弃vim的根本原因。不过除了markdown以外的其他的编辑基本在vim中进行。
另外现在有一些可以实时看到编辑效果的编辑器，比如Windows下的MarkdownPad, Mac下的Mou，Linux下的ReText等编辑器，大家也可以自己去找一下。选择一个适合自己的编辑器就好了。
pandoc
如前所述，pandoc是一个格式转换工具，可以支持常见文档格式之间的相互转换。它支持很多的格式，使用pandoc —help可以看到它所支持的所有格式，这里列出其支持的格式供参考：
xuyang@ubuntu15:~/blog$ pandoc —help
pandoc [OPTIONS] [FILES]
Input formats: docbook, docx, epub, haddock, html, json, latex, markdown, markdown_github, markdown_mmd, markdown_phpextra, markdown_strict, mediawiki, native, opml, org, rst, t2t,textile, twiki
Output formats: asciidoc, beamer, context, docbook, docx, dokuwiki, dzslides, epub, epub3, fb2, haddock, html, html5, icml, json, latex, man, markdown, markdown_github, markdown_mmd, markdown_phpextra, markdown_strict, mediawiki, native, odt, opendocument, opml, org, pdf*, plain, revealjs, rst, rtf, s5, slideous, slidy, texinfo, textile
[*for pdf output, use latex or beamer and -o FILENAME.pdf]
另外，pandoc还支持很多变成语言的语法高亮显示。
xuyang@ubuntu15:~/blog$ pandoc —version
pandoc 1.13.2.1
Compiled with texmath 0.8.2.2, highlighting-kate 0.5.12.
Syntax highlighting is supported for the following languages:
abc, actionscript, ada, agda, apache, asn1, asp, awk, bash, bibtex, boo, c,
changelog, clojure, cmake, coffee, coldfusion, commonlisp, cpp, cs, css,
curry, d, diff, djangotemplate, dockerfile, dot, doxygen, doxygenlua, dtd,
eiffel, email, erlang, fasm, fortran, fsharp, gcc, glsl, gnuassembler, go,
haskell, haxe, html, idris, ini, isocpp, java, javadoc, javascript, json,
jsp, julia, latex, lex, lilypond, literatecurry, literatehaskell, lua, m4,
makefile, mandoc, markdown, mathematica, matlab, maxima, mediawiki,
metafont, mips, modelines, modula2, modula3, monobasic, nasm, noweb,
objectivec, objectivecpp, ocaml, octave, opencl, pascal, perl, php, pike,
postscript, prolog, pure, python, r, relaxng, relaxngcompact, rest, rhtml,
roff, ruby, rust, scala, scheme, sci, sed, sgml, sql, sqlmysql,
sqlpostgresql, tcl, tcsh, texinfo, verilog, vhdl, xml, xorg, xslt, xul,
yacc, yaml, zsh
Default user data directory: /home/xuyang/.pandoc
Copyright (C) 2006-2014 John MacFarlane
Web: http://johnmacfarlane.net/pandoc
This is free software; see the source for copying conditions.
There is no warranty, not even for merchantability or fitness
for a particular purpose.
关于pandoc的安装：
• ubuntu 15.10 sudo apt-get install pandoc
• ubuntu 15.10以前的版本 在15.10以前的版本，ubuntu缺省安装的pandoc版本太低，以至于Rmarkdown拒绝调用它。所以在以前的版本上，你需要自己安装pandoc的最新版本，安装方法是：
sudo apt-get install cabal-install
cabal update
cabal install pandoc
#记得把这个添加到目录
export PATH=$HOME/.cabal/bin:$PATH
使用这个方法安装时，需要花很长的时间，估计要1个小时吧。主要原因是需要下载大量的haskell的包。所以推荐大家在ubuntu 15.10以后的平台上使用。
另外，在用上面的方法安装pandoc的时候，如果使用国内的镜像，速度会快很多，国内镜像的使用方法可以参考清华镜像的使用方法1，这里把它记录下来供参考：
第一次使用时，先执行cabal update，待生成~/.cabal/config之后，使用ctrl+c中断这个update，然后修改~/.cabal/config。修改方法为，将下面这行注释掉（用—注释）
remote-repo: hackage.haskell.org:http://hackage.haskell.org/packages/archive
修改为：
remote-repo: mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn:http://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/hackage
然后再执行cabal update和cabal install pandoc
• 其他的系统 暂时还没有尝试
texlive
texlive用来处理Latex，它把latex格式的文件转为pdf。如果需要从markdown生成pdf文件，或者是打算由多篇文章生成一本pdf格式的书籍，需要有texlive的支持。这里选择的是texlive，安装方法如下
sudo apt-get install texlive-full
这个安装也需要大约1小时左右，因为texlive也有很多的包需要安装。这样安装会多安装许多语言包，不过比起自己去一个一个选择包来说，这是最简单的方式。
另外，因为我们需要中文的支持，所以需要另一个latex引擎，xelatex，所以这个也需要安装，方法是
sudo apt-get install xelatex
R安装
• ubuntu 15.10
直接安装就可以了
sudo apt-get install r-base rbase-dev
安装成功以后，你应该可以直接键入R命令，如下所示：
xuyang@ubuntu15:~/blog$ R
R version 3.2.2 (2015-08-14) — “Fire Safety”
Copyright (C) 2015 The R Foundation for Statistical Computing
Platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit)R是自由软件，不带任何担保。
在某些条件下你可以将其自由散布。
用’license()’或’licence()’来看散布的详细条件。
R是个合作计划，有许多人为之做出了贡献.
用’contributors()’来看合作者的详细情况
用’citation()’会告诉你如何在出版物中正确地引用R或R程序包。
用’demo()’来看一些示范程序，用’help()’来阅读在线帮助文件，或
用’help.start()’通过HTML浏览器来看帮助文件。
用’q()’退出R.
R包安装
R安装以后，还需要安装一个R的扩展包才可以工作，其中的rmarkdown,knitr是必须的。安装的方法为，在R的命令行键入
install.packages(c('rmarkdown','knitr'),repos="http://mirror.bjtu.edu.cn/cran/")
其中repos参数指定包的下载地址，这里指定的是国内的一个R镜像。
准备就绪
有了以上准备工作（pandoc，texlive，R，rmarkdown）以后，你就可以开始r + markdown的工作了。后面开始学习markdown的基础语法。
https://mirrors4.tuna.tsinghua.edu.cn/help/hackage/
本文地址: http://www.bagualu.net/wordpress/archives/6172 转载请注明
本文链接： https://konelane.github.io/2018/03/04/R语言 + Markdown/
-- EOF --
转载请注明出处 署名-非商业性使用-禁止演绎 3.0 国际（CC BY-NC-ND 3.0）
